数据集:

EMBO/sd-nlp

任务:

文本分类

子任务:

multi-class-classification named-entity-recognition parsing

语言:

计算机处理:

monolingual

大小:

10K<n<100K

语言创建人:

expert-generated

批注创建人:

expert-generated

许可:

cc-by-4.0

数据集介绍文件清单

英文

sd-nlp 数据集卡片

数据集概述

该数据集基于 SourceData（ https://sourcedata.embo.org ）数据库的内容，其中包含从细胞和分子生物学科学论文中手动注释的用英语编写的图例说明。数据集是预先使用 roberta-base 分词器进行分词的。更多详细信息请参考 https://github.com/source-data/soda-roberta 。

支持的任务和排行榜

标签说明如 IOB2-style tags 。

PANELIZATION：图例说明（或图例）通常由多个段落组成，每个段落都指代完整图表的几个'面板'之一。面板倾向于表示用一种连贯的方法获得的结果，并描绘可以进行有意义比较的数据点。PANELIZATION 提供这些段落的开始（B-PANEL_START），并允许训练识别连续面板图例之间的边界。

NER：标记了生物和化学实体。具体标记了以下实体类型：

SMALL_MOLECULE：小分子
GENEPROD：基因产物（基因和蛋白质）
SUBCELLULAR：亚细胞组分
CELL：细胞类型和细胞系
TISSUE：组织和器官
ORGANISM：物种
EXP_ASSAY：实验测定

ROLES：实体在与报告的结果中进行因果假设测试方面的角色。标签如下：

CONTROLLED_VAR：与实验变量相关且接受受控和有针对性干扰的实体
MEASURED_VAR：与测量变量相关且为测量对象实体

BORING：当实体更多地具有描述性价值而不直接与因果假设相关联时，使用标签 BORING（“无聊”不是一个理想的词选择，但它很简短...）。通常，这些实体被称为“报告者”基因产物，用作样本间的共同基准，或指定实验的背景（细胞系统、物种等）。

语言

数据集中的文本为英文。

数据集结构

数据实例

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        ]
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数据字段

input_ids：以整数列表形式提供的 robberta-base 分词器词汇表中的标记ID
label_ids：
- entity_types：实体类型的 IOB2 标签的字符串列表；可能值为 ["O", "I-SMALL_MOLECULE", "B-SMALL_MOLECULE", "I-GENEPROD", "B-GENEPROD", "I-SUBCELLULAR", "B-SUBCELLULAR", "I-CELL", "B-CELL", "I-TISSUE", "B-TISSUE", "I-ORGANISM", "B-ORGANISM", "I-EXP_ASSAY", "B-EXP_ASSAY"]
- geneprod_roles：实验角色的 IOB2 标签的字符串列表；值为 ["O", "I-CONTROLLED_VAR", "B-CONTROLLED_VAR", "I-MEASURED_VAR", "B-MEASURED_VAR"]
- boring：与因果设计无关的实体的 IOB2 标签的字符串列表；值为 ["O", "I-BORING", "B-BORING"]
- panel_start：面板图例的 IOB2 标签的字符串列表；值为 ["O", "B-PANEL_START"]

数据拆分

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- 数据行数：48,771
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- 特征：['input_ids', 'labels', 'tag_mask']
- 数据行数：13,801
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- 特征：['input_ids', 'labels', 'tag_mask']
- 数据行数：7,178

数据集创建

策划理由

该数据集的构建是为了训练模型，以基于科学文献自动提取知识图谱。该数据集可用于训练文本分割、命名实体识别和语义角色标注模型。

源数据

数据收集和规范化

图例说明是根据 Liechti 等人于2017年在《Nature Methods》杂志中描述的 SourceData 框架进行注释的。使用 https://curation.sourcedata.io 提供的策划工具将图例说明分割为面板图例，标记实体，分配实验角色，并使用标准标识符进行规范化（此数据集中不可用）。源数据在2021年1月21日从 SourceData API（ https://api.sourcedata.io ）下载。

谁是源语言的制造者？

这些示例是从细胞和分子生物学科学论文的图例中提取的。

注释

注释过程

该注释是由 SourceData 项目（ https://sourcedata.embo.org ）的专家策划师手动进行的。

谁是标注者？

SourceData 项目的策划师。

个人和敏感信息

没有已知的个人或敏感信息。

数据集使用注意事项

数据集的社会影响

不适用。

偏差讨论

这些示例严重偏向于细胞和分子生物学，并且富含在 EMBO Press 杂志（ https://embopress.org ）发表的论文中的示例。

其他已知限制

[需要更多信息]

其他信息

数据集策划师

Thomas Lemberger，EMBO。

许可信息

CC BY 4.0

引用信息

[需要更多信息]

贡献

感谢 @tlemberger 添加了此数据集。

作者:

EMBO

数据集大小:

90 MB